Во время правления Екатерины Великой (урожденной принцессы Софии Августы Фредерики Ангальт-Цербст-Дорнбург, годы правления 1762-1796), начинания в политике здравоохранения, заложенные ее предшественниками, получили новое развитие. Она продолжила приводить в порядок систему здравоохранения в стране. Россия все больше и больше полагалась только на свои собственные силы в плане обучения профессионалов-медиков.
Императрица ввела серьезные изменения в управлении делами медицины в России. В 1763 году Медицинская канцелярия была реорганизована в Медицинскую коллегию и ее полномочия были расширены. Екатерина ввела Присутствие (коллегию, совет директоров) с условием непременного участия в нем доктора медицины. В 1764 году Медицинской коллегии было дано право присваивать звание «доктора медицины», хотя коллегия редко этим правом пользовалась.

Губернские приказы общественного призрениябыли созданы во всех провинциях России в 1775 году. Приказы, которые были созданы с целью надзора за вопросами медицины в сельской местности, состояли из представителей всех сословий. В их обязанности входило учреждение сиротских приютов, домов призрения, больниц и аптек. Все эти организации контролировались Медицинской коллегией.

В 1786 году две действующие медицинские школы были отделены от больниц и превращены в независимые медико-хирургические школы. Это были школа Бидлоо и школа при Морском и сухопутном госпитале в Петербурге. Они получили право учить своих собственных студентов и «вести их до звания доктора» вместе с Московским университетом. До этого такое право имела лишь Медицинская коллегия. В 1798 году, спустя 12 лет, медико-хирургические школы Москвы и Петербурга были переименованы в Императорские медико-хирургические академии. Московская медико-хирургическая академия просуществовала до 1804 года. 45 студентов, обучавшихся там, были переведены в Императорскую медико-хирургическую академию в Петербурге. Все медицинские инструменты и библиотека также были перевезены в Петербург.

В конце восемнадцатого века в России было два центра медицинской науки: Медико-хирургическая академия в Петербурге и Медицинский факультет Московского университета. Московский университет специализировался на общей патологии, терапии и физиологии, в то время как Медико-хирургическая академия занимала ведущую позицию в развитии анатомии, топографической анатомии и хирургии.
На рубеже девятнадцатого века в России был большой разрыв между учеными медиками, применявшими экспериментальный метод исследований, и практикующими докторами. Последние все еще полагались на народную медицину.

В семнадцатом и восемнадцатом веках между Россией и Нидерландами были налажены тесные связи в области медицины. Многие голландские врачи приехали работать в Россию, занимали очень высокие должности на российской медицинской службе и способствовали развитию медицинских услуг и медицинского образования.

В частности, Лейденский университет внес выдающийся вклад в развитие медицины в России. Всего шесть докторов медицины были членами Академии наук, семь - профессорами медицинских наук и более тридцати - просто докторами медицины. Все они на определенном этапе своей карьеры окончили Лейденский университет или получили докторскую степень.

Примерно 130 лет (со времени петровских реформ) понадобилось, чтобы Россия выстроила независимое медицинское образование. К началу девятнадцатого века в России было уже 1519 докторов и хирургов-цирюльников с русскими корнями. 422 человека из них служили в армии, 128 – во флоте, и 879 работали в госпиталях и медицинских приказах.

Правители России, начиная с Петра Великого, заложили основы и создали условия для реформы здравоохранения. Но, доктора сами должны были возводить «здание» системы здравоохранения, и наполнять его мебелью. Самое главное, «здание» нуждалось в ключевых руководящих фигурах - медиках-профессионалах с большим опытом работы.

Оба брата, Александр I и Николай I, стремились к независимости от иностранных докторов. Они понимали: будучи великой европейской державой, Россия не могла себе позволить отстать от Европы после победы над Наполеоном в 1812 году. Император Николай I (годы правления 1825-1855) даровал возможность талантливым студентам разных факультетов российских университетов возможность учиться за границей. Молодые люди, предварительно отобранные профессорами своих университетов, должны были сдать вступительный экзамен. Те, кто его успешно сдавал, ехали учиться в Императорский Дерптский университет (ныне — Тартуский университет в Эстонии), стипендия выделялась императором. В Дерпте студенты получали степень доктора наук. Дерптский университет считался в ту эпоху одним из лучших высших учебных заведений в немецкоязычном регионе и в Европе и в России. Целью обучения студентов в Дерпте и их последующей двухгодичной стажировки в зарубежных университетах Европы была подготовка к службе в департаменте Министерства народного просвещения и к занятию профессорской кафедры в университетах на родине. Первая группа талантливых студентов прибыла в Дерпт в 1828 году. Среди них был Николай Иванович Пирогов (1810-1881). Еще тридцать лет понадобилось, чтобы поднять уровень медицины в России на высоту развитых европейских стран, и в этом развитии русской медицины Пирогов сыграл ключевую роль.